El origen de los wikis está en la comunidad de patrones de diseño, cuyos integrantes los utilizaron para escribir y discutir patrones de programación. El primer WikiWikiWeb fue creado por Ward Cunningham. Cunningham, a parte de inventar y dar nombre al concepto wiki, en 1995 creó la primera implementación de un servidor WikiWiki para el repositorio de patrones del Portland (Portland Pattern Repository).

Seis años mas tarde, en enero de 2001, tuvo lugar el nacimiento de una de las wikis más conocidas actualmente: Wikipedia. Los fundadores del proyecto de enciclopedia Nupedia, Jimbo Wales y Larry Sanger, decidieron utilizar un wiki como base para el proyecto de enciclopedia Wikipedia. A pesar de que originalmente se usó el software UseMod, más tarde crearon un software propio, MediaWiki, que ha sido adoptado después por muchos otros wikis.

Hoy en dia existen diversas wikis de todo tipo y temas debido a la expansión y popularidad creciente de esta herramienta de escritura colaborativa. Actualmente, el wiki más grande que existe es la versión en inglés de Wikipedia, seguida por varias otras de sus versiones. Los wikis ajenos a Wikipedia son mucho más pequeños y con menor participación de usuarios, generalmente por el hecho de ser, en muchos casos, mucho más especializados. Por otro lado, es muy frecuente por ejemplo la creación de wikis para proveer de documentación a programas informáticos, especialmente los desarrollados en software libre.